Die TV-Reporterin April O'Neal ist in ihrem Job bei den Kanal-6-Nachrichten unterfordert und darf mit ihrem Kameramann Vernon Fenwick (Will Arnett) nur kleine Beiträge produzieren. Daher verfolgt die furchtlose Journalistin in Eigenregie die Spur der mysteriösen Armee der Fußsoldaten, die mit ihren kriminellen Machenschaften eine Bedrohung für ganz New York darstellt. Eines Nachts wird sie dabei Zeugin, wie ein vermummtes Wesen die Gangster auf eigene Faust aufmischt – doch die Story will ihr beim Sender keiner glauben, selbst ihre Chefin Bernadette Thompson (Whoopi Goldberg) nicht. Als April die Spur weiter verfolgt, lernt sie die humanoiden Schildkröten Leonardo (Pete Ploszek), Michelangelo (Noel Fisher), Raphael (Alan Ritchson) und Donatello (Jeremy Howard) kennen. Sie wurden von ihrem Meister, der auf zwei Beinen gehenden Ratte Splinter (Danny Woodburn; Stimme: Tony Shalhoub), zu bewaffneten Ninjas ausgebildet. Außerdem haben die witzigen Turtles eine ausgeprägte Vorliebe für Pizza...