Der Präsident der Vereinigten Staaten wurde gekidnappt und ist heimlich durch Zartan ersetzt worden. Er beschuldigt die G.I. Joes Nuklearwaffen gestohlen zu haben und tötet durch einen Militärschlag einen Großteil des Teams. Während Roadblock, Lady Jaye und Flint sich Richtung Hauptstadt durchschlagen, trainieren Snake Eyes und Jinx, Storm Shadows Cousine, beim Blind Master und bereiten sich auf einen Schlag gegen Storm Shadow vor, den vermeintlichen Mörder von Hard Master.