18 - Bloßgestellt
Claire quartiert den flüchtigen Alex bei sich ein, der unter Wasser atmen kann. Als Sandra dahinter kommt, ist sie wenig begeistert – schließlich hat Claire sie angelogen! Dennoch entschließt sich Sandra, Alex zu helfen, dem die Regierungsagenten schon dicht auf der Spur sind. Unterdessen plant Danko, Matt und Peter zu eliminieren, obwohl er von Nathan ausdrücklichen Befehl hat, die beiden am Leben zu lassen. Doch nicht nur von Danko droht Matt und Peter Gefahr, denn sie begeben sich selbst in die Höhle des Löwen: Auf der Suche nach Daphne dringen sie ins Gebäude 26 ein. Daphne ist zwar nicht dort, sie können jedoch dank eines unbekannten Helfers namens Rebel brisantes Videomaterial kopieren. Peter gelingt es, mit dem Video zu fliehen, aber er kann nicht verhindern, dass Matt gefangen genommen wird. Sylar ist mit Luke unterwegs auf der Suche nach seinem Vater. Als sie zu einem alten Drive-In kommen, erinnert sich Sylar plötzlich an einen Vorfall aus seiner Kindheit, den er verdrängt hatte. Was Sylar dadurch über seinen Vater erfährt, lässt in ihm einen folgenschweren Entschluss reifen...

19 - Wurzel des Bösen
Matt Parkman steht betäubt und verwirrt vor dem Kapitol in Washington – und das mit einer umgeschnallten Bombe. Schuld daran ist Danko, der der Gefahr, die seiner Meinung nach von "terroristischen" Heroes ausgeht, ein Gesicht verleihen will. Nathan Petrelli fliegt vor Ort und es gelingt ihm, Matt so zu beeinflussen, dass er mit Hilfe seiner telepathischen Fähigkeit erfährt, wie er die Bombe entschärfen kann. Als Danko das merkt, versucht er, den Sprengsatz zur Explosion zu bringen. Claire hat den von Alex hinterlassenen Job im Comic-Laden angenommen und harrt dort weiterer hilfsbedürftiger Heroes, die Rebel ihr vorbeischickt. Sie rettet sogar ihren Peiniger Doyle vor anrückenden Agents und verschafft ihm mit Rebels Hilfe eine neue Identität. Doch ob der irre Puppenspieler sich tatsächlich gewandelt hat? Sylar hat unterdessen seinen Vater in einer Jagdhütte im Wald aufgespürt. Doch statt des bedrohlichen Übervaters erwartet ihn eine gebrochene, von Lungenkrebs gezeichnete Gestalt. Mr. Gray hat mit dem Leben abgeschlossen und hält seinem Sohn einen deprimierenden Vortrag über die Eitelkeit allen Strebens nach Fähigkeiten. Erst als Sylar ihm seine Selbstheilungsfähigkeit demonstriert, die ihn unsterblich macht, erwacht der Alte aus seiner Lethargie und will sich die Kraft nehmen, die ihn vor dem Tod retten könnte...

20 - Hauch des Todes
Danko hat nach Nathans Abgang das volle Kommando über das Programm. Seine neuen Befugnisse nutzt er, um auch Suresh in die Halle bringen zu lassen, in der die betäubten Menschen mit besonderen Fähigkeiten liegen. Für die noch freien Heroes braut sich neuer Ärger zusammen: Immer auf ihren Vorteil bedacht, erklärt sich Tracy bereit, Hornbrille und die Beamten zu Rebel zu führen. Sie begegnet ihrem Retter, der sich als Micah entpuppt, am Hauptbahnhof. Der Junge ist tief enttäuscht, als die Frau, die seiner verstorbenen Mutter so sehr ähnelt, ihm eröffnet, dass sie ihn in die Falle gelockt hat. Doch in letzter Sekunde erwacht Tracys Gewissen – und sie beschließt, den Jungen zu retten. Angela versucht alles, um ihren Verfolgern zu entkommen, doch als sie umstellt im Fahrstuhl des Hotel "Ritz" festsitzt, kann nur ihr fliegender Sohn Peter sie in letzter Sekunde befreien. Hiro und Ando, die den kleinen Matt Parkman vor der Verhaftung retten wollen, haben derweil festgestellt, dass das Baby eine Fähigkeit besitzt. Es kann nicht nur mit einer Berührung Maschinen ein- und ausschalten, es gelingt ihm auch, Hiros Kräfte zu aktivieren. So haben Hiro, Ando und Baby Matt endlich eine realistische Chance, ihren Häschern zu entkommen ...

21 - Zuflucht
Danko setzt seinen Plan zur Vernichtung aller Menschen mit besonderen Fähigkeiten weiter gnadenlos in die Tat um. Er schickt einen Trupp seiner Männer los, um den Geometrielehrer James Martin abzuholen. Doch die Operation endet in einem Fiasko, als Martin die Agenten kurzerhand niederstreckt. Noah Bennett macht Danko Vorhaltungen, weil dieser seine Männer in einer viel zu riskanten Operation geopfert hat. Danko zeigt sich davon allerdings wenig beeindruckt, hat er doch einen neuen, mächtigen Verbündeten, mit dessen Hilfe er James Martin in kürzester Zeit zur Strecke bringen will. Angela Petrelli hat sich unterdessen in eine Kirche zurückgezogen. Hier findet sie endlich zu dem so lang ersehnten natürlichen Schlaf und hat einen prophetischen Traum, der ihr verrät, was als nächstes zu tun ist. Nathan und seine Tochter Claire fliehen vor den Agenten nach Mexiko. Hier hat Nathan nach einer durchzechten Nacht einen seltenen Moment der Selbsterkenntnis: Er gibt zu, dass er sich übernommen hat und nicht weiß, wie er die Spirale der Gewalt aufhalten kann, die er in Bewegung gesetzt hat...