14 - Unmittelbare Gefahr
Vier Monate sind vergangen. Nach den letzten dramatischen Ereignissen halten die Heroes sich bedeckt. Sylar begibt sich auf die Suche nach seinem Vater. Der Uhrmacher Martin Gray gibt ihm die Adresse des Tierpräparators Samson Gray. In dessen Haus wird Sylar jedoch von einem SWAT-Team gestellt. Nachdem Nathan Petrelli beim Präsidenten über die Helden gesprochen hat, steht er nun einer Sondereinheit vor, die das Ziel hat, alle Menschen mit Fähigkeiten zusammenzutreiben und an einem unbekanntem Ort zu internieren. Am Tag X plant der militärische Leiter der Operation, genannt Hunter, den Zugriff auf alle bekannten Helden außer auf Claire, die von ihren Verwandtschaftsbeziehungen geschützt wird. Doch sie hört ein Telefonat ihres Vaters Nathan und ihrer Großmutter Angela mit an und erfährt, dass Matt Parkman einkassiert werden soll. Als sie bei ihm erscheint, um ihn zu warnen, wird sie mit festgenommen. Auch Peter ist angewidert von den Plänen seines Bruders. Als er diesem die Gefolgschaft verweigert, trifft auch ihn ein Betäubungspfeil. Claire wird mit den übrigen Gefangenen zu einem Flugplatz geschafft, wo sie an einen unbekannten Ort verbracht werden sollen. Zwar erteilt ihr Nathan einen Freibrief, doch sie befreit sich aus dem Wagen, der sie nach Hause bringen soll, und es gelingt ihr, heimlich das Flugzeug zu entern. Dort entdeckt sie Tracy, Hiro, Parkman, Suresh und auch Peter, den sie befreit. Doch bei seinem Kampf gegen die Soldaten im Flugzeug absorbiert Peter Tracys Fähigkeit und vereist eine Außenwand... Die Helden rasen so dem sicheren Absturz entgegen...

15 - Blut und Vertrauen
43 Stunden nach dem Absturz der Maschine, die die Heroes ins Internierungslager bringen sollte, sieht es an der Absturzstelle traurig aus. Die Helden konnten entkommen und mussten mitansehen, wie das Wrack mit den übrigen Gefangenen von einem Marschflugkörper pulverisiert wird. Claire wird von Noah Bennett aufgegriffen und ins Hauptquartier gebracht, wo inzwischen auch Nathan eingeflogen ist. Nun wird klar, warum die Hornbrille bei dem bösen Spiel mitmacht. Der Senator hat ihm dafür freies Geleit für Claire und seine Familie versprochen. Doch der Hunter, der alle Menschen mit Fähigkeiten als Terroristen ansieht, ist nicht einverstanden. Trotzdem darf Claire nach Costa Verde zurückgehen, wo sie beschließt, nicht aufs College zu gehen, sondern zunächst zu Hause zu bleiben. Peter und Tracy versuchen, Nathan in die Falle zu locken, indem Tracy diesem anbietet, ihm seinen Bruder auszuliefern, um dafür in ihr altes Leben zurückkehren zu dürfen. Doch Nathan verrät sie, Peter kann entkommen und Tracy wird festgenommen. Derweil hat Sylar die Suche nach seinem leiblichen Vater, der ihn vor Jahren an seinen Bruder verkauft hatte, ins Haus eines Tierpräparators geführt. Im Nebenhaus versucht Sylar durch Foltermethoden den Aufenthaltsort seines Vaters herauszubekommen und findet in dem hasserfüllten Teenager Luke, der ebenfalls tödliche Fähigkeiten besitzt, einen Bewunderer. An der Absturzstelle geschieht noch etwas Tragisches. Daphne, die mit Ando herbeigeeilt ist, um ihren Liebsten Matt und dessen Freunde zu retten, wird bei einem Feuergefecht schwer verletzt. Die anderen können entkommen. Nun beratschlagen Hero, Ando, Suresh, Matt und der dazugestoßene Peter, wie sie sich gegen die Bedrohung wehren und Rache für Daphnes vermeintlichen Tod nehmen können ...

16 - Gebäude 26
Nach dem katastrophalen Ende des Gefangenentransports versuchen The Hunter und Nathan, ihr Projekt weiterzuführen. Dazu hat Nathan eine Verdopplung der Mittel beantragt. Plötzlich erscheint eine Agentin namens Abby Collins vom Heimatschutzministerium. Sie glaubt nicht eine Sekunde an die Bedrohung durch Menschen mit besonderen Fähigkeiten und plant, das Projekt zu beenden. Noch größer ist ihr Entsetzen, als sie ihre mit primitivsten Mitteln gefesselte Bekannte, Tracy Strauss, in einer Zelle entdeckt. Sie will Nathan wegen Verstoß gegen die Menschenrechte anklagen. Doch da entkommt Tracy, deren Ketten The Hunter gelöst hatte, und ermordet vor Abbys Augen einen Mitarbeiter. Fassungslos sichert diese daraufhin Nathan die Unterstützung seines Projekts mit allen verfügbaren Mitteln zu. Unterdessen ist Sylar mit seinem jungen Bewunderer Luke unterwegs, damit ihn dieser zum Aufenthaltsort seines leiblichen Vaters führt. Doch die beiden werden auf ihrer Reise erkannt und in einem Restaurant von Agenten gestellt...

17 - Kalter Krieg
Suresh, Matt und Peter setzen den entführten Noah Bennet mit einem Betäubungsmittel außer Gefecht, damit Matt in sein Bewusstsein eindringen kann. Dort will er herausfinden, wie es zur Verfolgung der "Heroes" gekommen ist und wer dabei die Strippen zieht. So erfährt das Trio schließlich, wie es Nathan gelang, Noah für die Regierungskampagne zur Freiheitsberaubung der "Menschen mit Fähigkeiten" zu rekrutieren. Bennet tat zwar alles, um das Vertrauen des grässlichen Hunters zu gewinnen. Auf der anderen Seite nutzte er seine Position aber auch, um den Verfolgten zu helfen und zu verhindern, dass die Maßnahmen eskalieren. Mit Hilfe der neuen Information kann Peter aus Bennets Lager Waffen, Handgranaten, Geld und weitere nützliche Dinge für den Widerstandskampf entwenden. Dann fliegt er in die Wohnung des Hunters, um ein für alle mal mit dem gefährlichen Widersacher abzurechnen. Doch die Konfrontation verläuft anders, als Peter es erwartet hat. Unterdessen erfährt Matt aus Bennets Gedanken, dass Daphne noch am Leben ist. Kurz darauf wird Suresh vom Einsatzteam überwältigt und gefangen genommen, während Matt in letzter Sekunde von Peter in Sicherheit gebracht wird...