Von der ägyptischen Wüste bis unter die polaren Eiskappen muss das Eliteteam um G.I. JOE bei dieser Mission reisen. Dabei werden die brandneuesten Spionage- und Militärgeräte eingesetzt, um den korrupten Waffenhändler Destro zu bekämpfen und der immer größer werdenden Bedrohung durch die geheime Cobra-Organisation Einhalt zu gebieten - bevor die Welt im Chaos versinkt.

Aus der ägyptischen Wüste über die Eisschollen am Polarkreis bis in die Strassen von Paris - das G.I. JOE-Team jagt die Verbrecherorganisation Cobra und ihre gefährliche Anführerin The Baroness (Sienna Miller) auf der ganzen Welt. Mit einer brandneuen Technologie versuchen sie die Welt in die Knie zu zwingen. Gerüstet mit den coolsten High Tech-Spielereien und -Waffen wie zum Beispiel einem Beschleunigungs-Kampfanzug ist G.I. JOE die letzte Verteidigungslinie gegen die Weltherrschaft durch Cobra.