Im Jahr 1638 reist der junge portugiesische Jesuit Sebastião Rodrigues (Andrew Garfield) gemeinsam mit seinem Begleiter Bruder Francisco Garrpe (Adam Driver) nach Japan, um als Priester geheime Missionsarbeit zu leisten. Außerdem sollen sie dort mit Hilfe eines Übersetzers (Tadanobu Asano) dem Gerücht nachgehen, das Sebastiãos alter Lehrmeister, der berühmte Pater Cristóvão Ferreira (Liam Neeson), völlig unerwartet vom Glauben abgefallen sein soll. Im ostasiatischen Inselstaat angekommen, bietet sich ihnen ein schauderhaftes Bild. Die Christen des Landes sehen sich einer brutalen Verfolgung durch die Regierung ausgesetzt, nachdem Bauern, meist katholische Christen, auf der Shimabara-Halbinsel einen Aufstand wagten. Fortan wollen die Herrschenden ihr Reich von allen westlichen Einflüssen säubern und isolieren. Folterungen, Kreuzigungen und unmenschliche Demütigungen lassen Sebastião und Francisco immer wieder an ihrer Aufgabe verzweifeln...