Leutnant Horatio Caine (David Caruso) kämpft mit seiner Ex-Freundin Julia Winston im zweiten Teil der 6. Staffel, um das Sorgerecht ihres gemeinsamen Sohns Kyle Harmon (Evan Ellingson). Sie stellen den Sohn somit vor die schwierige Entscheidung, bei wem er leben möchte. Auch die Fälle verlangen von dem Team um Horatio Caine einiges ab. Eine verdeckte Informantin eines Drogendealer-Rings wird ermordet in einem Apartment aufgefunden. Es deutet einiges darauf hin, dass das FBI etwas damit zu tun haben könnte... Während Horatio in einem Mordfall in den Everglades ermittelt, wird das Teammitglied Calleigh Duquesne (Emily Procter) von zwei Gaunern entführt, die ihre Telefonnummer auf einer Webseite veröffentlicht fanden. Diese zwingen Calleigh den Schauplatz eines Mordes für sie zu säubern. Aber nicht nur für Calleigh wird es gefährlich. Horatio muss das Team auch beschützen, nachdem die neue Gerichtsmedizinerin an einem Tatort plötzlich erschossen wird. Vieles deutet auf einen Rachefeldzug gegen Horatio hin, der auf dem Flughafen von Miami seinen Höhepunkt finden soll...

Folge 16 - Spurenleger (2) (All In)
Folge 17 - Raubtiere in Menschengestalt (To Kill A Predator)
Folge 18 - Tunnelblick (Tunnel Vision)