Nachdem Thor (Chris Hemsworth) seinen Bruder Loki (Tom Hiddleston) in die Schranken gewiesen hat, sieht er seine Aufgabe nun darin, die ins Schwanken geratene Ordnung zwischen den neun Welten wiederherzustellen. Den Konflikt mit Jotunheim konnte er gerade erst beilegen, da sieht sich der junge Gott mit einem ganz anderen Problem konfrontiert: Die uralte Rasse der Dunkel-Elfen will Thors Friedenspläne vereiteln. Deren Anführer Malekith (Christopher Eccleston) ist älter als das Universum selbst und will dieses zurück in die Dunkelheit stürzen. Bereits vor tausenden von Jahren hatte er es schon einmal versucht, wurde aber mit seinem Heer von Dunkel-Elfen zurückgeschlagen. In Asgard glaubte man, dieser Sieg sei endgültig gewesen. Doch nun ist Malekith zurückgekehrt und derart mächtig, dass nicht einmal Göttervater Odin (Anthony Hopkins) in der Lage ist, ihn aufzuhalten. Thor steht vor seiner bisher größten Herausforderung und muss sich auf eine Reise ins Ungewisse begeben. Nur, wenn er die Balance zwischen den kosmischen Kräften wiederherstellen kann, besteht Hoffnung auf einen Sieg über die Dunkel-Elfen. Nicht nur um Asgards Willen will er Malekith bezwingen, sondern auch, weil er um seine große Liebe Jane Foster (Natalie Portman) fürchten muss.